替硝唑和甲硝唑都属于硝基咪唑类的抗菌药，甲硝唑是第一代的消极咪唑类抗菌药，替硝唑则属于第二代。两者抗菌谱是基本相似的，都用于治疗各种厌氧菌感染。但是在治疗有效方面，替硝唑要优于甲硝唑。在副作用方面，甲硝唑副作用要比替硝唑副作用大。很多人在应用甲硝唑以后会出现消化道不良反应，比如恶心、呕吐以及食欲不振。