功能性消化不良的调理，首先需要调整患者的情绪，避免出现情绪紧张、焦虑、抑郁。其次要调整患者的肠道菌群，可以使用蜡样芽孢杆菌、复合乳酸菌、双歧三联活菌等等，调节肠道的菌群。还需要调整肠道的神经功能，可以使用马来酸曲美布汀等药物，进行肠道的双向调节。