怀孕做亲子鉴定，一般选择在孕中期以后。怀孕做亲子鉴定是需要做羊膜腔穿刺，抽取羊水进行检查。当宫内能够看到孕囊的情况下，就可以做亲子鉴定。但这时候做亲子鉴定容易引起流产，所以一般做亲子鉴定会选择在怀孕中期，孕12周以后做。做亲子鉴定应该选择，正规的鉴定机构或者是医院去做，可以降低羊膜腔穿刺引起的感染和流产的发生。