厌氧菌是一类在无氧条件下比在有氧条件下生长的更好的细菌。一旦出现厌氧菌感染首选甲硝唑、替硝唑等硝基咪唑类的药物。这类药物能够覆盖大多数厌氧球菌、类杆菌、梭杆菌等，并且药物组织分布浓度较高，同时能够通过血脑屏障。除此以外，碳青霉烯类、β-内酰胺类加酶抑制剂等药物同样具有杀灭厌氧菌的作用。