肛窦炎经过治疗是可以治愈的。可口服抗炎药物，如氟哌酸、甲硝唑等。肛门熏洗坐浴，熏洗药可选择具有消炎作用的高锰酸钾，或具有清热利湿、消肿解毒作用的中草药。熏洗坐浴后，肛门内可纳入痔疮栓，肛门处可进行微波理疗。对于药物治疗无效，肛窦已化脓，可采取手术治疗。肛窦炎患者平时要少吃辛辣刺激性食物，忌酒，保持大便通畅，防止便秘，保持肛周清洁卫生。