肛门神经官能症的主要症状是感觉肛门处疼痛、坠胀等。部分患者会感觉肛门骚痒、异物感等。一般经过肛肠科专业医生检查以后，不会发现明显的阳性体征，也就是肛门周围无痔疮、肛裂等常见疾病，患者自主描述和医生观察所见并不完全一致。