小腿肌肉疼痛的原因有：一，可能是由于进行了较大量的运动导致乳酸堆积，从而产生双侧小腿肌肉疼痛。二，如果小腿发生外伤、碰撞，也可出现疼痛。三，可能是腰椎间盘突出压迫脊髓神经根导致小腿的疼痛。四，皮神经炎的时候，也可以出现小腿肌肉疼痛。一些小腿的筋膜炎，也可导致小腿肌肉疼痛。持续出现小腿肌肉疼痛，应该到医院就诊。