引起儿童基因突变的原因比较多，由于染色体是组成细胞的基本物质，怀孕期间如果接触放射性的物体或化学制剂会导致胎儿出现染色体的变异或诱发基因突变。如果受到病毒感染，如风疹病毒、巨细胞病毒等也会导致基因改变或畸形。遗传代谢性疾病也容易诱发基因突变，如唐氏儿。孕期不好的饮食习惯、抽烟喝酒，也会诱发基因突变。