巧克力囊肿有比较严重的痛经，而且会影响女性怀孕，卵巢囊肿没有痛经，也不影响怀孕。巧克力囊肿做B超会发现囊腔中有多个星状回声，卵巢囊肿B超是没有这种改变，通过抽血检查会发现巧克力囊肿会有CA125轻度升高，其他的卵巢囊肿一般不会出现CA125的升高。