怀孕三个月做药物流产不能够流干净，因为怀孕三个月不适合做药物流产，药物流产适合怀孕49天之内的妊娠，怀孕三个月可以吃药，但必须住院吃药，这种不叫药物流产，而叫药物加清宫手术，因为流不干净，所以要配合清宫手术进行调理。这是三个月需要选择的终止妊娠的方法，而且在这期间必须住院有大夫护士监控才安全，否则容易大出血。