大便后肛门疼痛的原因有很多：一、肛周脓肿，由于肛腺出现了感染，引起肛门周围出现感染化脓，从而会引起大便后肛门疼痛。二、肛裂，排便时会引起肛门剧烈疼痛、出血。三、痔疮，痔疮患者出现了血栓性外痔或炎性外痔时，会出现大便后肛门疼痛的现象。