舌咽神经痛的患者，常常在一侧的舌咽神经分布区域，出现电击样、刀割样、针刺样的剧烈疼痛，往往可以位于舌根部，舌咽部，耳朵的深部或者是扁桃体区。这种疼痛持续的时间几秒钟到几十秒钟不等，有时还可以伴随有喉部的痉挛以及唾液分泌增加的现象。