羊水穿刺时间依据检测目的不同，时间要求也有所不同。进行遗传学检测，主要是收集羊水中的脱落细胞，在孕16至二十四周之间进行，多数是在孕18周以后进行，引起流产的风险较低，而且可以预留足够时间进行结果检测和判读。如果是进行羊水内相关病毒检测，需要依据不同病毒种类决定感染后的取样时间。