小便时龟头有点疼可能为以下原因引起：一、包皮龟头炎。通常会导致龟头局部疼痛、瘙痒、糜烂等症状，尿液排出时可能对破溃部位造成刺激，就会引起排尿疼痛。二、尿道炎，比如淋菌性尿道炎会引起排尿疼痛、尿道烧灼感、尿道口脓性分泌物增多等症状。建议确诊后及时抗菌治疗，防止感染加重。