胚胎不发育的主要原因有胚胎染色体异常，占胚胎不发育原因的50%以上。胚胎不发育的原因还有母体严重的慢性疾病、母体自身免疫以及同种免疫的异常、妇科内分泌以及全身性内分泌疾病、子宫畸形或者子宫病变、父亲精子染色体异常以及环境中接触了过多有毒有害的化学物质及放射线等。