月经第三天肚子疼大多属于生理性痛经，因为在月经期间体内前列腺素分泌增高，所以会引起痛经症状。如果是肚子疼痛不是特别严重，要注意保暖，喝红糖姜水起到温宫暖胃作用，可以促使经血及时排出、缓解痛经症状；如果肚子疼痛特别严重，要给止痛药物口服。在月经干净后要及时到医院进行彩超复查，了解是否是妇科疾病造成的肚子疼。