怀孕40多天有褐色分泌物主要是由于阴道流血，血液被空气氧化出现的颜色改变，考虑出现了流产情况。引起流产的原因主要有胚胎染色体异常、母体慢性疾病、母体的免疫功能异常以及内分泌疾病、生殖器官畸形病变、父亲精子染色体异常以及环境因素等。