新生儿血氧饱和度低的原因，主要是气血交换的过程出现了明显障碍，主要因为肺功能发育不良或者明显的肺炎，导致肺泡渗出增多，使血氧交换的功能障碍。还有的是明显的先天性心脏病，由于心脏的异常导致血氧交换的障碍，也会出现血氧饱和低，因此，新生儿血氧饱和度降代表病情比较严重。