巧克力囊肿会疼痛，巧克力囊肿是子宫内膜异位症，异位的子宫内膜种植在卵巢上，会随着卵巢周期性的分泌激素而出现内膜的增生、坏死、脱落，所以在月经期间会产生明显疼痛感。这种情况需要配合一定的药物调理，但最终需要进行手术，手术之后再继续用药，防止复发，巧克力囊肿如果特别大，超过五厘米容易破裂，所以必须要选择手术。