造成矮小症的原因主要是先天性的遗传代谢性疾病、先天性的染色体疾病、还有一少部分是特发性的家族性的矮小。所以比较常见的是生长激素分泌不足、还有生长激素不敏感或者是抵抗综合征、先天性垂体发育不良、还有是宫内生长发育迟缓，所导致的出生以后生长发育矮小。另外，家族性身材矮小、社会心理性的身材矮小、可以造成矮小。因为还有是特发性矮小、先天性软骨发育不良还有甲状腺功能低下等疾病，可以造成矮小。