巧克力囊肿怀孕的几率大概为60%，有40%的内异症患者会发生不孕。引起不孕的原因复杂，如盆腔微环境改变影响精卵结合及运送以及免疫功能异常导致抗子宫内膜抗体增加、破坏子宫内膜正常代谢及生理功能等。卵巢功能异常导致患者排卵障碍和黄体形成不良中重度患者也会因卵巢、输卵管周围黏黏而影响受精卵的运输。