膝关节注射玻璃酸钠主要副作用是容易造成膝关节感染，因为注射玻璃酸钠时候，膝关节形成了一个开放窗口，与外界相通。当人体在免疫力低下或者受凉劳累时，容易造成膝关节感染。一般在进行膝关节注射玻璃酸钠时需要进行无菌消毒，尽量减少感染风险。不建议长期反复注射玻璃酸钠。