疱疹性咽峡炎和手足口病的区别主要在于皮肤表面的形态上，虽然两种疾病都是由于病毒感染导致的，但是疱疹性咽峡炎主要以咽峡部位出现小水泡为主，一般不会导致身体皮肤表面的其他部位出现典型症状。而手足口病可以在口腔内部黏膜表面和嘴角部位的皮肤表面出现小丘疹，而且手部和脚底部位也有可能会出现类似的小丘疹。