支原体和衣原体的主要区别是引起病情发作的病原体不同。支原体感染由支原体引起的病情变化，衣原体感染由衣原体引起病情变化。这两种病原体引起的疾病，出现的症状比较相似。对这两种病原体有效的药物也基本相同，建议根据患者病情选择合适的治疗方案。