对于多系统萎缩的诊断主要是通过患者的临床表现，以及患者的典型的病史。比如患者会出现尿失禁、排尿困难、体位性的低血压以及行动迟缓，肌张力的增高和走路不稳，共济失调。部分的患者还容易出现呼吸困难：吞咽困难，另外可以出现饮水呛咳等症状。通过患者的临床表现，并且需要行磁共振检查排除各种神经系统的疾病，通常可以做出确诊。此外，患者通常还需要行尿动力学的检查，以及泌尿系统的彩超等检查，排除其他的泌尿系统的疾病。