婴儿做磁共振没有危害，因为磁共振的原理是使用电磁场，不会有辐射，相对较为安全。但是磁共振检查时间较长，内部噪音比较大，所以需要给宝宝口服镇静剂或者通过灌肠的方式让孩子镇静，进入睡眠状态后再进行检查，一般不会造成不良影响。