支原体和衣原体的治疗，需要接受抗生素治疗，如大环内酯类、喹诺酮类、多西环素、米诺环素等。支原体、衣原体难以根治，需要足疗程、足量使用抗生素药物治疗。同时，对于特定疾病，除了使用抗生素药物治疗，还需要结合物理治疗或手术治疗，采用激光以及其它方式进一步根治治疗。但支原体和衣原体在临床中比较容易复发，需要保持个人卫生。