四价HPV疫苗和九价疫苗的主要区别在于对宫颈HPV病毒的预防种类不同，四价HPV疫苗主要预防6型、11型、18型，16型HPV病毒的感染，而九价疫苗能够预防九种HPV病毒的感染，包括6型、11型、16型、18型、31型、34型、45型、52型、58型等。此外，四价HPV疫苗可以预防大概70%的宫颈癌和90%的尖锐湿疣，而九价疫苗可以预防大约90%的宫颈癌以及90%的尖锐湿疣。