肛瘘由内口、瘘管、外口组成。引起肛瘘主要是肛隐窝肛腺的感染，肛腺处形成内口，炎症从肛隐窝和肛腺逐渐蔓延扩散，形成肛门直肠周围炎。进一步发展形成肛门直肠周围脓肿，脓肿破溃或切开引流后，脓腔逐渐缩小，腔道渐渐形成瘘管，脓液经由瘘管从外口流出，反复感染，经久不愈，最后形成肛瘘。