怀孕45天药流能否干净，主要取决于个人情况以及流产过程是否顺利决定。药流发生不全流产的风险较高，引起不全流产与妊娠时妊娠囊着床部位等因素相关。所以，药流后，女性需要通过B超等复查方式，了解有无宫内组织残留的情况发生，女性需引起重视。