黄体酮副作用有恶心、头晕、头痛、倦怠感、乳房胀痛；有一部分女性在肌肉局部注射部位，会出现疼痛、瘙痒、红肿刺激，甚至局部可以形成硬结影响药物吸收。女性在怀孕期间肌注黄体酮具有保胎作用，一般临床上是针对孕酮值偏低的女性给予肌肉注射黄体酮。