三个月婴儿出现咳嗽，处理方法上建议给孩子做血常规、衣原体抗体、百日咳杆菌抗体检查。若是孩子百日咳抗体检查结果是阳性，说明是百日咳疾病，可以服用大环内脂类药物进行治疗；若是经过检查后不存在细菌感染、只是病毒感染导致，此时主要服用对症药物，可以选择小儿咳嗽糖浆止咳对症治疗。