三个月宝宝肠胃功能不好，主要是调理肠胃。首先，可给宝宝服用益生菌调节肠胃功能，将肠道菌群调整到正常状态，此时孩子肠胃功能可逐渐恢复至正常。其次，遵医嘱给宝宝服用健脾、健胃的中成药调理；采取推拿、按摩的方法调理脾胃、调理肠胃。