两种疫苗的区别在于所含的预防的流脑的菌株不同。A群流脑疫苗仅仅是预防流脑病毒中常见的A型病毒。而A+C流脑疫苗主要用来预防流脑病毒中的A亚型和C亚型。A加C流脑疫苗预防的流脑病毒的种类更加广泛，更有利于保护机体。目前我国计划免疫中注射的流脑疫苗多为A+C混合流脑疫苗。