飞秒手术有一定后遗症，一般多是视力回退、眼干、眼涩、角膜病变，如圆锥角膜、角膜感染等。因为它是在角膜上做手术，所以容易引起散光或角膜病变。不过，目前手术技术比较成熟，如果正确选择手术适应症，完全可以避免后遗症发生；手术后应该正确用眼、避免视力回退。