病菌感染由多种原因引起，如痢疾杆菌、大肠杆菌、霍乱弧菌等，可以由不洁饮食侵入胃肠道引起感染。脑膜炎双球菌、肺结核杆菌可通过呼吸道飞沫进入人体而造成感染。一部分细菌可正常寄生在人体内，如肺炎链球菌寄生在口腔以及鼻咽部，在免疫功能低下的情况下，可以侵入人体而发生肺炎。金黄色葡萄球菌有时可存在于人体的皮肤表面、局部伤口，可进入人体造成感染，发生局部感染。