肠镜可以检查肠道很多疾病，包括溃疡性结肠炎、克罗恩病、肠结核、肠道息肉、结肠侧向发育型肿瘤、结直肠恶性肿瘤、结直肠类癌、感染性肠炎等。此外，肠镜也可以检查肛肠方面疾病，比如痔疮、肛乳头肥大等。目前肠镜不仅可以进行检查诊断，必要时可以对部分疾病进行内镜下治疗。