胚胎发育不良的原因有很多，最常见的原因是胚胎自身的染色体有异常。子宫发育畸形、宫腔黏连、生殖道感染、内分泌失调，比如黄体功能不足、甲状腺功能异常，患有免疫系统的疾病，比如系统性红斑狼疮、抗磷脂抗体综合征等，都会导致胚胎发育不良。孕妇本身患有高血压、糖尿病、肝肾功能异常，也会导致胚胎发育不良。在怀孕期间接触了过多有毒、有害的物质，也会引起胚胎发育不良。