慢性粒细胞白血病的发病机制目前还不清楚，可能与大量接受X或伽马射线等电离辐射、长期接触苯以及含有苯的有机溶剂等因素有关。而慢性粒细胞白血病的主要发病因素是基因突变，此种基因叫BCRA融合基因，其发生突变的常见原因是骨髓染色体畸形。