脑起搏器治疗帕金森病的主要原理是让脑起搏器通过恒定的脉冲刺激，抑制患者过度兴奋的神经冲动的传导。脑起搏器如何起作用，目前还没有明确的说法，即无法明确是去极化还是超极化，能够控制神经兴奋、冲动的传导。但是目前认为手术植入起搏器的关键一步是定位，即找到脑深部核团里过度兴奋的神经传导的神经纤维，在定位后把电极植入进去。所以认为原理是让脑起搏器通过恒定的脉冲刺激，抑制患者过度兴奋的神经冲动的传导。