婴幼儿阴茎短小与先天发育有一定关系，还可能伴有阴茎畸形，如尿道下裂。部分婴幼儿本身较为肥胖，部分阴茎体包埋在皮下脂肪内，所以从外观发现较小。对于婴幼儿阴茎短小，没有激情情况下，可以不用处理；随着生长发育到青春期后，体内雄激素明显增加，此时阴茎逐渐开始发育。