三个月宝宝掉头发主要的原因如下：第一、铅中毒。宝宝铅中毒容易引发掉发，可以带其到医院进行血铅浓度检查，如果是要及时排铅治疗。第二、微量元素缺乏。比如缺锌和缺钙可引发掉发，还容易导致头发变细、变黄以及稀疏。第三、真菌感染。平时不注重头部清洁卫生，导致头皮受到真菌感染。建议养成良好的卫生习惯，坚持勤洗头。