肛镜和肠镜的区别在于，肛镜主要是观察肛周以及直肠粘膜的病变情况，所以检查起来是比较简单，也不需要行全麻，只需要行局部麻醉，甚至不需要行麻醉都可以做肛镜检查。而肠镜主要是观察整个小肠和结肠的病变，所以若是孩子配合度不好，还需要做全身麻醉。