男性尿道刺痛是否会自愈，取决于具体的病因。尿道刺痛可能是尿路感染引起的膀胱炎，如果患者病情比较轻，有自愈的可能。建议平时多喝水勤排尿，及时将尿道内的细菌冲出体外。如果患者自身有抵抗力比较强，更利于病情恢复。尿道刺痛也可能是尿道炎引起，如果是淋病奈瑟菌、支原体衣原体感染引起，则无法自愈需要积极治疗。