目前幽门螺杆菌阳性的治疗主要还是通过四联药物进行根除治疗。四联药物通常是有一种质子泵抑制剂、一种铋剂联合两种抗生素组成的四联药物；抗生素的选择种类较多，可以根据当地抗生素耐药情况，进行有目的性的组合搭配。在治疗过程中，可能会出现大便发黑、小便发绿等药物引起的常见症状，停药后就可以消失。四联药物治疗两周以后疗程结束。一个月以后可以复查碳13或碳14呼气实验。观测幽门螺杆菌根除的情况。