舌根溃疡跟口腔内其它溃疡，治疗方法一样，都可以使用促进创面愈合药物，像康复新液或者是牛碱性生长因子凝胶涂抹。需要注意的是牛碱性生长因子凝胶药物，一般需要放到冰箱里使用时再拿出来，以保持生长因子凝胶里面的生长因子活性。另外，舌根溃疡由于在舌根底部，因此比较容易受到摩擦，疼痛会加剧。因此可以在治疗中，使用能够减轻痛苦或者止痛药物进行治疗。