怀孕三个月时肚子疼的原因有很多，多数是由于子宫增大，使子宫周围韧带受到牵拉所引起的疼痛感。同时，还有可能是流产造成的肚子疼，此时还会伴有阴道流血的症状。如果怀孕三个月时出现持续性的肚子疼痛，伴随肛门坠胀、发热等表现，需要考虑是盆腔内炎症感染所致。如果伴随有腹泻、呕吐的症状，多见于胃肠炎所引起的疼痛。