导致阴茎短小的原因比较多。可能是由于先天发育的原因，也可能是遗传因素，有的是由于本身存在有生殖器发育畸形，比如尿道下裂。有的是由于本身比较肥胖，小腹部堆积脂肪比较多，部分阴茎体被脂肪包埋而导致。应该通过相关检查来进行明确。