射精后勃起时疼痛的原因如下：一、如果性生活过于频繁并且性生活时间较长，有可能会导致海绵体不适，在射精后就会出现疼痛等异常症状。二、如果患者本身存在前列腺炎、尿道炎等感染性疾病，在性生活过程中可能会导致感染加重，在性生活后就会出现疼痛症状。