宫颈纳氏囊肿是慢性子宫颈炎的一种，绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化。可能与子宫颈局部损伤或子宫颈的慢性炎症，使腺管口狭窄，引起宫颈的纳氏囊肿。此外也有可能与子宫颈转化区内鳞状上皮取代柱状上皮的过程中，新生的鳞状上皮覆盖子宫颈腺管口或伸入腺管，将腺管口阻塞引起。